Lightning Pro 4.3.5 にて追加いたしましたのでエラー表示についてご確認ください。
※とは言え、BootstrapのJavaScriptファイルの中身を独自にカスタマイズすると、おそらくアップデートの際に上書きされるので、もしBootstrapのJavaScriptファイルの中身のスクリプトをカスタマイズする場合は、Lightningが出力しているBootstrapのファイルの読み込みを停止させて、独自にビルドした JavaScriptファイルを読み込ませてください。
BootstrapのJavaScriptの外し方、独自読み込みをしたいがやりかたがわからない場合は別途その旨返答いただければと思います。