1)自社のサービスを自社サイト内でアフィリエイトを募集する場合の設定方法(自社が広告主、自社サイトが広告メディア)
こちらは Lightning など弊社製品に関する質問ではなく、設定手順も簡単に回答できる内容でないためスルーさせていただきます。下記サイトなど参照ください。
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自動広告を有効にする場合はGoogleのサイトで確認できるサイト運営者ID(pub-*******)を入力いただくだけで他は何もしなくてもかまいません。Googleが勝手にいろいろなところに広告を挿入して…見た目が微妙になります…。
勝手に入れられるのではなく、特定の場所のみに広告を掲載したい場合は自動広告は使用しないで、ExUnitのメイン設定の広告設定の 記事の最初、moreタグ、記事の最後 の入力欄や、テキストウィジェットに広告タグを入力してください。