いえ、本来下記の優先順位が正しく、5.0.3にて修正いたしましたのでご確認くださいませ。
1. トップページに指定された固定ページのデザイン設定でのカラム指定
2. トップページに指定された固定ページのテンプレート設定
3. レイアウト設定で指定したトップページのカラム設定
4. レイアウト設定で指定した投稿アーカイブのカラム設定
トップページに固定ページを指定しない設定でのカラム指定ケースにおいて
テストコードから漏れており、挙動が変わっている事に気が付きませんでした。
混乱させてしまい申し訳ありません。