提案ですが、以下のようにすればカスタマイズ性が向上しより使いやすく成ると思います。
マージによってBSのCSSが上書きされていた場合は読み込む量が増えるかもしれませんが・・・
①管理画面でbootstrapのバージョンを指定する。(v3・v4・・・)
②BSオプションを条件に
BS3の場合はBS3のv3.3.7のbootstrap.min.cssとbootstrap.min.js(とbootstrap-theme.min.css)
BS4の場合はBS4のv4.1.3のbootstrap.min.cssとbootstrap.bundle.min.js(←popper.jsをマージしたもの)を読み込む
(BS5が登場した場合も同様)
③bootstrapの後にfontawesomeやicomoon等のテーマやスキン以外のCSS・JSを読み込む
④親テーマ共通(全スキン共通とも)のCSS(上記以外)を読み込む
⑤BSオプションとスキンオプションを条件にBS3用・BS4用それぞれに対応したのスキンのCSS・JSを読み込む
⑥子テーマのCSS・JSを読み込む
⑦②~⑥は1つの関数にまとめ、この関数は子テーマ側でオーバーライド可能にする
P.S.
fontawesomeは5.6.1が出ています。