再利用ブロックの編集

Lightning Pro 4.11.0
VK Blocks Pro 0.31.0

こちらの環境では、OuterブロックとPR Contentブロックで作った
再利用ブロックを編集してもそのようなメッセージは表示されず
保存しても問題ありませんでした。

他の再利用ブロック編集時にもそのメッセージは表示されますか？

また、例えばブロックテンプレート機能の「PR BLOCKS SET」は
ちょうどOuterブロックとPR Contentブロックの組み合わせですが
こちらを再利用ブロックとして保存後に編集できますでしょうか？

ブロックテンプレート機能（Pro版のみ）

画像の赤枠→青枠の順にクリックして再利用ブロックを通常のブロックに変換してみてください。

再利用ブロックの元を編集しにいけば可能だと思います。