えーとですね、これは事故りやすい問題です。
パーマリンク構造は例えば Custom Posttype Permalinks などのプラグインを使えば運が良ければうまくできます。
Custom Post Type Permalinks
ただ以下の理由によりあまり推奨していません
■ Googleはパンくずリストでサイト構造を判断する
Googleは現在適切にマークアップしたパンくずリストがあればそれで階層を認識するので、実際のURLはGoogleのクロールやSEO面ではほとんど意味がないと言われています。
■ 謝動作を引き起こしやすい
パーマリンクの構造は結構ややこしいです。Custom Posttype Permalinks の作者はユーザーの無理なパーマリンク構造で不具合が出ないように定期的に頭をかかえています。
と、いうのはWordPressは動的なので、要求されたURLを分析してデータベースに投げる情報を生成しています。
たとえば
http://test.com/apple-cat/category-03/
は
http://test.com/?apple-cat=category-03
というURLに変換して処理されます。
このURLは apple-cat という名前があるので、
カスタム分類「apple-cat」の category-03 に属する記事を抽出するという指令が出せます。
しかしながら
http://test.com/apple/category-03/
というURLだと、「おや、category-03 君、君は…どこのカスタム分類に属しているんだい?そもそも君はカスタム分類に所属するターム名なのかい?それとも投稿のスラッグ名なのかい?ちょっとよくわかんないな…全部調べるからまってて(あるいわ調べたけどわかんなかったから404ね)。」
となって処理に負荷がかかるとか、投稿や固定ページで「category-03」というスラッグがあった時に誤動作したりします。
まぁそうならないようにURLの変換ルールを書けば良いのですが、ページングのURLなども踏まえると、リライトルールをわかる人が自分で書き換える場合以外は推奨していません。
なので、例えば受託案件で「URL構造を任意の構造に変更したい」という要望がある場合は別料金で見積もりを出さないとハマる可能性が高いです。
上記踏まえた上でも変更したいようでしたら後日検証してみます。