恐らく認識違いがあるのではないかと思いますが、WooCommerceは自身でインストールして運用する分には例えば銀行振り込み払いなどなら決済手数料はかかりません。
クレジットカード決済する場合は決済手数料がかかりますが、これは e-shopsカートS でも同じです。
https://cart.e-shops.jp/function/payment/
WooCommerceの場合は基本システムの管理を自分でするので、クレジットカードなどの決済手数料以外はかかりません。
しかし、システムメンテナンスは自分でしなくてはいけません。
e-shopsカートS をはじめ各種サービスはクレジットカードの決済手数料 + システム利用料が発生するので、ショッピングカートサービスの方が安いという事は基本的にありません。
ただし、WooCommerceで自分で運用するとシステム管理は自分でしなくてはいけないので、どちらが費用対効果が高いかの判断になります。
ちなみに価格でソートするようなシステムを手作りすると、それなりに技術が必要だったり、費用を出して他の人に頼むと、以降のメンテナンスでトラブルになる事を考えると、普通にWooCommerce使った方がよほどリスクは少ないと思います。