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基本的にブロックとして編集許可している部分以外の場所をHTMLで手動で変更すると、
プログラム側では「そんな内容で出力されるはずじゃない状態になってるけどおかしくない？」ということで
「このブロックには、想定されていないか無効なコンテンツが含まれています」
と言われます。

なので、HTMLモードで意図的に変更するのは、ブロックとしての管理を完全に切り離しても独自の内容に変更したいというケースのみになります。