修正版のご対応ありがとうございます。0.48.0 へ更新して確認しました。
■ 確認した環境
・VK Orchestrator 0.47.1 → 0.48.0(npm start 時の自動更新)
・VK Terminals 1.65.0 → 1.66.0
・macOS(Apple Silicon)/Node.js v22.14.0
■ 結果
・自動更新のあと、VK Terminals が起動しました
・node_modules に electron・node-pty・web-push がそろっていました(67件で、更新前と同じ一覧です)
・package-lock.json に記載された vk-terminals の依存一覧に web-push が入っていました
・npm run doctor に「VK Terminals が使う部品(Electron など)」の項目が表示され、「揃っています」となりました
・フルディスクアクセスは今回は外れず、ペインから ~/Downloads を読めました。Electron.app は作り直されていましたが、Electron の版(44.4.0)が変わらず、署名も更新前と同じだったためと思われます
■ 補足
今回は VK Terminals の版が変わる更新(1.65.0 → 1.66.0)でしたので、報告した「VK Terminals の版が変わらない更新」の経路は通っていません。今後その形の更新や、Electron の版が上がる更新で問題が出た場合は、改めてご報告いたします。
早急にご対応いただき、ありがとうございました。