返信が遅くなり申し訳ありません。
無事にインストールすることができました。停止していた目次などのPro機能も無事復活致しました!
丁寧な対応ありがとうございました。
<解決方法>
さくらインターネットを利用しているのですが、「サーバーコントロールパネル > ファイルマネージャー > plugin」からVK Blocks Pro を削除し、再度WPのダッシュボードからインストールするとうまくいきました。
なお、最初にFTP接続ツールのFileZillaを利用したところ、どうしても接続エラー(パスワード等何度も確認した上で)になってしまいました。もしかしたらマルチサイトはレンタルサーバーの管理画面から直接操作しないといけないのかな?と感じました。(あくまで思っただけです!)
もし同じ状況の方がいらっしゃったらレンタルサーバーの管理画面から設定してみてください!