弊社技術者から報告が有りましたので、共有させて頂きます。
やはり、プラグインの動きとしては、タクソノミーの登録(WordPressが動く度に毎回行われる)は、そのスラッグが既に登録済みかどうかに関わらず、単純に該当カスタム投稿タイプにひもづけて登録するようになっています。register_taxonomy()という関数です。
これがこれまでのWordPressでは登録済みのものを残して追加する形だったのが、上書きされるように仕様が変わった模様です。
WordPress側の意図はわかりませんが、プラグインを改善するとしたら、
・同じスラッグを持つ既に登録済みのタクソノミーがあるかどうか確かめる
・あった場合にはそのタクソノミーにひもづいている投稿タイプを調べる
・投稿タイプを上書き(後から登録した内容を優先する場合)
・処理中のカスタム投稿タイプともともとひもづいていた投稿タイプをタクソノミーにひもづけ(register_taxonomy_for_object_type())
この処理を行えば確実に以前の動き(タクソノミーを複数投稿タイプで共有)ができそうに思います。