返信が遅くなり申し訳ありません。
上記コードをfunctions.phpに貼り付けたところ、カスタム投稿では以下のような表示になりました。
カスタム分類1: カテゴリ1-A, カテゴリ1-B
カスタム分類2: カテゴリ1-A, カテゴリ1-B, カテゴリ2-A, カテゴリ2-B
カスタム分類3: カテゴリ1-A, カテゴリ1-B, カテゴリ2-A, カテゴリ2-B, カテゴリ3-A
希望する表示は
カスタム分類1: カテゴリ1-A, カテゴリ1-B
カスタム分類2: カテゴリ2-A, カテゴリ2-B
カスタム分類3: カテゴリ3-A
だったので、
$taxnomiesHtml .= '<div class="entry-meta-dataList"><dl><dt>' . esc_html( $taxonomy_info->label ) . '</dt><dd>' . $terms_html . '</dd></dl></div>';
の直後に
unset($terms_html);
を挿入して解決しました。
間違っているようでしたらご指摘いただければ幸いです。
ありがとうございました。