ウィジェット：サイドバーのどれかに登録されるはずのウィジェット設定内容が、ウィジェット：トップページコンテンツエリア右に設定されているのでは？

まったく”新規”にWordPressをセットアップした時、WordPressのデフォルトで用意されるウィジェットはウィジェットエリアに自動的に配置されますが、Lightning Pro においては サイドバーよりも先に 「トップページコンテンツエリア右」のウィジェットエリアがあるので、そちらに配置されている状態かと思います。
しかしながら

* 既存のサイトのサイドバーウィジェットエリアに配置してあったものが勝手に「トップページコンテンツエリア右」に移動してしまうわけではない
* WordPressのデフォルトで配置されるウィジェットは実際の運用であまり使わずユーザーが独自に再設定されるケースがほとんどである
* 新規インストール時のデフォルトのウィジェットがサイドバーに表示されるように対策する事よりも他の不具合修正・機能追加の方が多くのユーザーにとってメリットがある

という理由で、現状修正は予定しておりません。

何卒ご理解いただけますと幸いです。